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Réforme
Facturation électronique : quelles sont vos obligations en tant que professionnel de santé ?
📅 Publié le 9 juin 2026
⏱ 6 min de lecture
La facturation électronique devient progressivement obligatoire en France. Chez les professionnels de santé, une question revient sans cesse : « Suis-je concerné, alors que mes actes sont exonérés de TVA ? »
La réponse : oui, mais bien plus légèrement que la plupart des entreprises. Voici l'essentiel pour votre cabinet, expliqué simplement.
Facturation électronique : de quoi parle-t-on ?
Une facture électronique n'est pas un simple PDF envoyé par email. C'est une facture dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII), qui transite par une plateforme agréée par l'administration fiscale.
La réforme repose sur deux mécanismes :
L'e-invoicing : émettre et recevoir
L'échange de factures électroniques entre professionnels établis en France et assujettis à la TVA (relations entre entreprises, dites « B2B »).
L'e-reporting : transmettre des données
La transmission à l'administration de certaines données de transactions : ventes à des particuliers et opérations internationales.
Le calendrier 2026-2027 à retenir
Deux dates clés :
• 1er septembre 2026 : toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir une facture électronique. L'émission devient obligatoire pour les grandes entreprises et les ETI.
• 1er septembre 2027 : l'obligation d'émettre s'étend aux TPE, PME et micro-entreprises, avec la généralisation du e-reporting.
Êtes-vous concerné ? Le cas des actes exonérés de TVA
Être assujetti n'est pas être redevable
Même en franchise de TVA ou en micro-BNC, vous restez un assujetti. La réforme vous concerne donc — au minimum pour la réception (nous y revenons plus bas).
Vos actes de soins restent hors réforme
Les actes de soins (médicaux, paramédicaux, biologie médicale…) sont en principe exonérés de TVA au titre de l'article 261, 4, 1° du Code général des impôts.
Pour ces actes, vous n'êtes concerné ni par l'émission de factures électroniques, ni par le e-reporting.
Concrètement : une infirmière libérale ou un kinésithérapeute qui ne facture que des soins remboursés n'émettra jamais de facture électronique au titre de cette activité.
L'obligation qui vous concerne dès 2026 : la réception
Dès le 1er septembre 2026, votre cabinet doit être en mesure de recevoir ses factures fournisseurs au format électronique, via une plateforme agréée.
Cela vaut pour vos factures de loyer, de matériel médical, de logiciels, d'abonnements, ou encore les honoraires de votre expert-comptable. Voici le circuit :
La franchise de TVA ou le micro-BNC ne changent rien : vous êtes concerné, au minimum, pour la réception de vos factures.
Les activités qui font basculer votre cabinet dans la TVA
Certaines recettes sortent du soin exonéré et relèvent alors de la TVA — donc de la réforme :
- les actes hors nomenclature ou non thérapeutiques (par exemple un acte esthétique purement d'embellissement) ;
- les ventes de produits (cosmétiques, orthèses…) ;
- les expertises, conseils et formations ;
- les locations et les redevances de collaboration (mise à disposition de votre local ou de votre matériel à un confrère).
Dans ces cas : si votre client est une entreprise, vous émettez une facture électronique ; s'il s'agit d'un particulier, vous relevez du e-reporting.
À noter : les pharmacies d'officine sont pleinement concernées (émission et réception), car elles vendent des produits soumis à TVA.
Comment mettre votre cabinet en conformité
Quelques étapes simples, à anticiper sans attendre :
- Choisir une plateforme agréée (ex-PDP) avant le 1er septembre 2026, pour recevoir vos factures fournisseurs.
- Vérifier votre logiciel de gestion de cabinet ou de télétransmission : votre éditeur doit le mettre en conformité.
- Contrôler votre présence dans l'annuaire de la facturation électronique, avec un numéro SIREN correct.
- Cartographier vos flux : soins exonérés, éventuelles activités taxables, fournisseurs.
- En parler à votre expert-comptable, qui connaît vos spécificités.
Chez Med-Xpert : nous travaillons avec Pennylane, qui figure parmi les plateformes agréées par l'administration fiscale. Vos factures — réception comme émission — sont ainsi gérées dans un environnement conforme et sécurisé, sans avoir à multiplier les outils.
En conclusion
Pour la grande majorité des professionnels de santé, la réforme tient en une phrase : être prêt, dès septembre 2026, à recevoir ses factures fournisseurs via une plateforme agréée. Vos soins exonérés, eux, restent hors de l'obligation d'émission.
Chaque cabinet a ses particularités. Un point personnalisé permet d'identifier précisément ce qui vous concerne — et de transformer cette obligation en occasion de simplifier votre gestion. Que vous exerciez dans les Hauts-de-France ou ailleurs en France, nous accompagnons les professionnels de santé pas à pas sur ce sujet.
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